Chapitre 12 Déroulé

12.1 Bookdown

12.2 Pagedown

12.3 Officer

Le format Bookdown permet de gérer des projets Rmarkdown plus large qu’un simple document de quelques pages.

Par ailleurs, le format bookdown apporte plusieurs améliorations :

  • Les livres et les rapports peuvent être créés à partir de plusieurs fichiers R Markdown.

  • Des fonctionnalités de mise en forme supplémentaires sont ajoutées, telles que les références croisées et la numérotation des figures, des équations et des tableaux.

  • Les documents peuvent être facilement exportés dans une gamme de formats adaptés à la publication (PDF, epub, HTML).

Installer bookdown depuis le CRAN

install.packages('bookdown')

  • Depuis Rstudio, cela vous apporte un nouveau type de projet, accessible depuis File -> New Project -> New Directory -> Book Project using bookdown.

  • Une fois celui ci créé, vous pouvez cliquer sur Build book dans l’onglet Build de Rstudio. Cela vous compilera le document en html, qui sera accessible dans le répertoire du projet et visible par défaut dans le viewer.

Quand vous créé un projet bookdown, vous avez dans votre projet automatiquement les fichiers suivants :

  • index.Rmd, le seul fichier Rmarkdown qui contient comme usuellement un yaml en entête. C’est le premier chapitre de votre livre.

  • 01-intro.Rmd à 06-references.Rmd des fichiers rmarkdown correspondant aux chapitres de vos livres. La structure classique d’un rmarkdown est un document Rmd par chapitre, qui seront ensuite pour la version html votre premier niveau de navigation. Chaque fichier comment par le titre du chapitre.

  • _bookdown.yml Un fichier de configuration de votre document bookdown.

  • _output.yml Un fichier de configuration des formats de sortie de votre document (pdf, html…).

  • book.bib un fichier de bibliographie au format BibTeX.

  • preamble.tex et style.css des fichiers de configuration de l’apparence de votre document pour sa version pdf (réalisé en LaTeX) et sa version html (réalisé en css).

directory/
├──  index.Rmd
├── 01-intro.Rmd
├── 02-literature.Rmd
├── 03-method.Rmd
├── 04-application.Rmd
├── 05-summary.Rmd
├── 06-references.Rmd
├── _bookdown.yml
├── _output.yml
├──  book.bib
├──  preamble.tex
├──  README.md
└──  style.css

La balise yaml du fichier index.Rmd contient des options spécifiques au format bookdown sur la gestion de la bibliographie.

title: "A Minimal Book Example"
author: "Yihui Xie"
date: "2025-01-17"
site: bookdown::bookdown_site
documentclass: book
bibliography: [book.bib, packages.bib]
biblio-style: apalike
link-citations: yes
description: "This is a minimal example of using the bookdown package to write a book. The output format for this example is bookdown::gitbook."

12.4 La structure du projet - _bookdown.yml

Le fichier _bookdown.yml permet de spécifier des options de configuration supplémentaires pour construire le livre.

Par exemple :

  • changer le nom du fichier (book_filename)
  • franciser le préfixe devant le numéro du chapitre (chapter_name) ou le préfixe des tableau et des graphiques (fig et tab)
  • changer l’ordre de fusion des fichiers (rmd_files)
book_filename: "mon_premier_bookdown"
delete_merged_file: true
language:
  ui:
    chapter_name: "Chaptitre "
  label:
    fig: "Graphique "
    tab: "Tableau "
rmd_files: ["index.Rmd", "01-intro.Rmd", "05-summary.Rmd"]

Le fichier _output.yml est utilisé pour spécifier les type de format de sortie (pdf, html…) et les options relatives à ces formats.

Pour le format html, c’est là par exemple que vous pouvez spécifier entre autre :

  • la feuille de style css à utiliser
  • les textes inscrit en haut et en bas du menu de navigation
  • les options de partage sur les réseaux sociaux que vous voulez (si vous en voulez, vous pouvez aussi tous les désactiver avec l’option sharing ci contre)
bookdown::gitbook:
  css: style.css
  config:
    toc:
      before: |
        <li><a href="./">Mon premier bookdown</a></li>
      after: |
        <li>Mon premier bookdown</li>
    download: ["pdf", "epub"]
    sharing: no
    info: no

  • Vous pouvez exclure un chapitre de la numérotation, en rajoutant {-} devant son nom dans le fichier Rmd.

  • Vous pouvez structurer vos chapitres en partie. Pour commencer une partie rajouter # ( PART) Nom de votre partie {-} devant un chapitre.