Les productions reproductibles avec Rmarkdown
Introduction
0.1
Le parcours de formation
0.2
Le groupe de référents R du pôle ministériel
Objectifs de ce module
0.3
Exemples de productions avec R Markdown
1
Bien commencer
1.1
Créer un projet sous Rstudio pour vous permettre de recenser vos travaux.
1.2
Utilisation du package
{savoirfR}
1.3
Créer votre arborescence de projet
1.4
Activer les packages nécessaires
1.5
Bien structurer ses projets data
2
La publication reproductible
2.1
Définition
2.2
Bonnes pratiques
2.3
Origine du format
R markdown
2.4
Du .Rmd au format de sortie
3
Le fichier
R Markdown
3.1
R markdown dans RStudio
3.1.1
Créer un fichier .Rmd
3.1.2
Lancer la génération du document
3.2
Les éléments d’un fichier .Rmd
3.2.1
L’en-tête
3.2.2
Les éléments texte
3.3
Insérer des images
4
Intégrer du code dans les RMD - Les
chunks
4.1
Les options des
chunks
4.2
Les options globales des chunks
4.3
Utiliser des outputs
4.4
Les insertions de code en ligne
4.5
Exécuter le code des chunks
5
Convertir le fichier Rmarkdown pour utilisation
5.1
Les formats de sortie
5.1.1
HTML
5.1.2
PDF
6
Ajouter des paramètres
7
A ne pas oublier
8
Rappels du jour 1
9
Exercice
9.1
Cadrage
9.1.1
Problématique
9.1.2
Rendu
10
De la page au livre, le package bookdown
10.1
Démarrer un projet de livre de la page blanche
10.1.1
Installer le package bookdown
10.1.2
Initialiser un modèle de livre
10.1.3
Générer le livre et le (re)lire
10.1.4
Se lancer dans l’écriture
10.2
Composer son livre quand la matière est déjà disponible
10.2.1
Illustration pratique d’une composition
10.2.2
Organisation des sources d’un bookdown
10.3
Au-delà du fond s’attaquer aux goûts et couleurs
10.3.1
Les types de sorties, ou les différents rendus possibles
10.3.2
Un choix esthétique cadré
10.3.3
Polices de caractères et couleurs, imposez votre style
10.3.4
Un choix esthétique cadré
10.4
Quelques options et détails techniques complémentaires
10.4.1
Options triées sur le volet
10.4.2
Retour sur le fonctionnement global
10.5
Etude d’un exemple bookdown : propre.rpls
10.5.1
Exemple d’appropriation d’une publication Rpls
10.5.2
Compréhension globale de l’architecture du paquet propre.rpl
10.6
Focus sur l’envoi au photocopieur du livre ou comment imprime
10.7
Bookdown, maintenant et au-delà
11
Du Rmarkdown interactif
11.1
Interactivité simple, les visuels s’animent
11.2
Interactivité avancée, les inputs utilisateur
11.3
Exercice X
11.4
Interactivité complète, l’application Shiny embarquée
12
Déroulé
12.1
Bookdown
12.2
Pagedown
12.3
Officer
12.4
La structure du projet - _bookdown.yml
13
Pagedown
13.1
Pagedown
13.2
Paged.js
14
Configurer votre yaml
15
Configurer votre yaml
16
Modifier le CSS
17
Modifier le CSS
18
Modifier le CSS
19
Modifier le CSS
20
Pour aller plus loin
20.1
Les documents Quarto
20.2
Affichages sur plusieurs colonnes
20.3
Autres formats de sortie
20.4
odt_document –> TODO
20.5
reference .R files
20.6
Le cache
20.7
Bibliographie
21
Rendu des exercices partie 2
21.1
Traitement des données
21.2
Nombre de LS par région
21.3
Graphiques d’évolution
21.4
Pour rappel
Liste des formations R
Published with bookdown
exo partie 2
Chapitre 8
Rappels du jour 1